Al menos 123 líderes de la Coordinadora Nacional de Trabajadores de la Educación (CNTE) en Guerrero, Michoacán y Oaxaca son prófugos de la justicia. Tienen órdenes de aprehensión vigentes por delitos graves, federales y locales. Entre ellos están Gonzalo Juárez Ocampo, dirigente de la CETEG, filial de la CNTE en Guerrero, y Juan José Ortega, secretario general de la Sección 18, en Michoacán, y Rubén Núñez, secretario general de la Sección 22 de Oaxaca. Destacan también los casos de cuatro profesores, uno de Guerrero y tres de Oaxaca, ligados al grupo guerrillero Ejército Popular Revolucionario (EPR) y otro de Michoacán, vinculado al cártel de los Caballeros Templarios. También hay reincidentes, pues han participado en bloqueos carreteros y agresiones a edificios públicos, como al edificio histórico sede de la SEP en el Distrito Federal, donde quemaron un portón que data de 1731.
La mayoría de los profesores buscados por la PGR y Procuradurías de justicia locales han estado recientemente en el Distrito Federal apoyando las protestas políticas de la CNTE, como su oposición a la reforma educativa. En el caso de la CETEG son 36 los maestros con orden de aprehensión por delitos federales como ataques a las vías de comunicación, daños y lesiones, así como sedición y motín, estos últimos ilícitos del fuero común. Además de Juárez Ocampo, en la lista están Minervino Moran Hernández y Román Meynardo López Pachuca, voceros de la CETEG; así como Mario Zamora Maldonado, secretario de Organización de la Región Centro.
Genaro Guevara Hernández, miembro de la Comisión Política; Mauro Lozano García, Cesáreo Rosendo Feliciano y José Lucas Juárez Tlaltempa, fueron detenidos tras la toma de la Autopista del Sol y daños en edificios públicos locales y federales, quienes habían obtenido su libertad bajo fianza y hoy se busca su reaprehensión.
Al profesor Lenin Marín Cruz, egresado de la Escuela Normal Rural Raúl Isidro Burgos, de Ayotzinapa, se le vincula al EPR. En Michoacán, son 27 los prófugos. Además de Juan José Ortega, son buscados Lupercio Pérez Castellanos, ex coordinador regional en la CNTE en Apatzingán, ligado a Los Caballeros Templarios. Así como Gonzalo Reyes Agustín, ex coordinador de la CNTE en Morelia, responsables de la quema del portón de la SEP y señalado como uno de los dirigentes más violentos de la CNTE. En la lista de prófugos de Oaxaca hay 60 maestros de la CNTE, y además de su dirigente están Manuel Sánchez Molina, Jefe del Departamento de Secundarias Generales del Instituto Estatal de Educación Pública de Oaxaca (IEEPO). Víctor Manuel Agustín Reyes, coordinador de la Región de la Mixteca; Octavio Herrera, secretario de Actas y Acuerdos; así como José Mana Cruz, secretario de Orientación Política e Ideológica de la CNTE en Oaxaca, los tres están ligados al EPR.